Sul colle che sovrasta Alonte sono stati rinvenuti, in una piccola necropoli rupestre ( IV-VI sec. a.C. ) strumenti di selce, terrecotte e frammenti metallici.
Sul versante meridionale del colle si possono osservare una serie di antiche fosse funerarie scavate nella roccia. Ben visibili sono otto tombe di forma rettangolare.
Il nome del paese si trova per la prima volta citato in antichi documenti medioevali.
Nel 753 il nome appare in un manoscritto, e riappare assieme a quello della frazione Corlanzone nel 1545 in un documento relativo ai beni donati al vescovo di Mantova dal marchese Almerico.
Negli ultimi anni del IX secolo, durante le invasioni degli Ungheri, sembra accertato che ad Alonte esistesse un sistema di fortificazioni che comprendeva la chiesa parrocchiale, che perciò un tempo era detta “Santa Maria del castello”.
Scarse notizie si hanno di un castello medioevale, di cui esiste oggi qualche traccia, forse distrutto intorno al 1312 durante le lotte tra Vicentini e Scaligeri contro i Padovani.
Il Maccà ricorda che nel 1312 il villaggio di Alonte fu devastato ed incendiato, tanto che “stando in Lonigo miravasi il fumo di questo incendio”.
In epoca scaligera Alonte fu proprietà della nobile famiglia vicentina dei Proti, a cui poi subentrarono i Traversi.
