Assediate dai Saraceni, alcune popolazioni della costa tirrenica della Calabria trovarono rifugio tra le montagne silane. Dal 1189 prese a costituirsi il primo nucleo del paese formato per lo più da famiglie di contadini che costruirono le loro abitazioni intorno alla Badia. In quest’anno, infatti, l’Abate Gioacchino da Fiore edificava alla confluenza dei fiumi Arvo e Neto l’ospizio di “Albaneto”, con lo scopo di offrire ospitalità ai viandanti. Intorno al Monastero si sviluppò la vita e l’economia del paesino, che grazie all’Ordine Florense ottenne alcune concessioni di terre della Sila. La prima di queste nel 1195 da Enrico VI che in seguito fu confermata ed estesa dall’Imperatrice Costanza. Il paese fu retto fino al 1470 dagli abati, in seguito succedettero Ludovico di S. Angelo, primo Abate Commendatario, e il Cavalier Luigi de Medici mentre la Badia fu retta da un Priore.
L’abitato si sviluppò velocemente a partire dal 1530, quando l’Abate napoletano Salvatore Rota avviò alla municipalità l’agglomerato urbano, anche se la nascita ufficiale del casale di San Giovanni in Fiore, sempre ad opera sua, è da datarsi intorno al 1536. A seguito della fusione dell’Ordine Florense con quello Cistercense, nel 1633, il paese fu affidato in feudo alla famiglia Rocci sino al 1725 e poi ai Caracciolo di Martina. Il regime feudale permase fino all’800, momento in cui la storia del paese si concentrò sulle lotte contadine atte a porre fine all’usurpazione baronale delle terre. San Giovanni in Fiore fu protagonista di un evento storico nazionale, infatti, proprio qui furono catturati i fratelli Bandiera.