Abitata sin dall’epoca preromana dai Frentani e successivamente dominata dai Romani, in epoca medievale Fossa Ceca divenne feudo del monastero benedettino di San Giovanni in Venere e ne seguì le alterne vicende storiche passando dal periodo di splendori, magnificenza, benessere economico e sviluppo culturale del XI secolo alla decadenza venuta a seguito di catastrofi naturali: una disastrosa mareggiata prima, e due forti terremoti poi, nel 1456 e nel 1627.
L’antico centro abitato era denominato Vicus Veneris ed era raccolto all’interno di una cinta muraria, di cui restano solo pochi ruderi; era abitato dai Frentani, una popolazione italica insediatasi lungo l’intera costa teatina ed era antico luogo di transito per le greggi transumanti verso il Tavoliere di Puglia.
Nel IX secolo il territorio di Fossacesia subì la colonizzazione monastica da parte dei benedettini di Farfa che vi organizzarono una corte ed un’azienda fondiaria e amministrativa. Intorno ad essa sorse l’aggregato umano formato da coloni e artigiani al servizio dell’Abbazia di San Giovanni in Venere, fondata da Trasmondo II Conte di Chieti, nell’anno 1004, sul promontorio dove, in epoca romana, sorgeva un tempio dedicato a Venere. Ad essa, nell’anno 1195, fu concessa in privilegio, da parte dell’Imperatore Enrico VI di Svevia, una località vicina di nome Fossamcaecam.
Nella seconda metà del XII secolo l’Abbazia, distrutta negli anni precedenti, fu ricostruita dall’abate Oderisio II (1155-1204). Nel XVI secolo l’Abbazia fu nuovamente devastata dalle incursioni saracene. Nel 1585 fu affidata da Papa Sisto V all’Oratorio di Santa Maria di Vallicella in Roma. A partire dalla metà del 1600 si ricostruirono i palazzi pubblici e le ville nobiliari e si ampliò il borgo, che si sviluppò ben oltre le antiche mura articolandosi in propaggini insediative sparse nelle frazioni di Fossacesia Marina e Villa Scorciosa.
Nel XVII secolo Fossacesia passò sotto il dominio dei de Rubeis, ma alla fine del Settecento era Terra Regia.
Nel 1943 durante la battaglia del Sangro, Fossacesia venne pesantemente bombardata dall’aviazione alleata. Il secondo conflitto mondiale in questa zona fu particolarmente aspro, in quanto la Linea Gustav passava proprio in questo territorio, e fece molte vittime anche tra i civili inermi, tanto che il Comune di Fossacesia è stato insignito della onorificenza della Medaglia d’Argento al Merito Civile.
