Il nome della località, nel cui stemma comunale – per metà in azzurro e l’altra metà in rosso – compaiono una croce d’argento, una corona d’oro, un ramo di palma verde e un’ancora nera, deriva dal vescovo di Roma – Papa Clemente – nominato terzo successore di San Pietro dall’88 al 97 d.C., nonché martire che la tradizione vuole sia stato gettato in mare legato proprio a un’ancora. Le prime notizie di San Clemente si fanno risalire al 962, allorché Ottone I di Sassonia, detto Ottone il Grande, ne fece dono ai Conti di Carpegna e da lì transitare nei possedimenti malatestiani. La forte vocazione agroalimentare del paese è testimoniata fin dal Medioevo. A Castelleale, piccolo borgo fortificato, il vescovo riminese Leale Malatesta, figlio naturale di Malatesta Guastafamiglia, fece erigere la sua residenza in una terra che le cronache del tempo descrivono provvista di buoni campi e buone viti.
