Il toponimo Montefalco si deve, secondo la tradizione, a Federico II di Svevia. L’imperatore, visitando i luoghi nel XIII secolo, constatato il gran numero di falchi, decise di cambiare il nome della località da Coccorone (Cors Coronae) in quello attuale. La presenza dell’animale nel territorio è andata via via scemando, fino a raggiungere il minimo storico in età moderna. Il 31 luglio 2007 nei cieli di Montefalco è stata liberata una coppia di gheppi, con finalità di ripopolamento. Il progetto ha avuto un grandissimo successo e i gheppi si sono riprodotti.
Intorno al 1280 la città viene conquistata da Todi, come testimonia lo stemma cittadino rappresentante un’aquila e posto su un palazzo alla destra della porta di sant’Agostino. Durante il periodo dell’occupazione tuderte inizia la coltivazione delle uve per il grechetto che si vanno ad aggiungere alla trazione più antica del vino rosso. Nello stesso periodo avviene anche la costruzione del palazzo pubblico (oggi sede del comune) e dei principali edifici religiosi. La città diventa così la più importante fortificazione del territorio tuderte contro Foligno e Spoleto e lo rimane fino al 1383, quando passa prima sotto i Trinci di Foligno per poi divenire, come gli altri centri umbri, di dominio papale.