Il nome di Prepotto viene fatto derivare dalla parola slovena pràpot che significa “felce” per la presenza notevole di questa pianta su tutto il territorio sin da tempi antichissimi.
Gran parte della storia del paese è stata identificata nella costruzione del castello di Castelmonte che sovrasta l’abitato e che probabilmente sorge dove era presente una postazione romana di vedetta. In realtà il più antico documenti scritto presente ancora oggi dove viene citato il nome della città di Prepotto risale al 1161 da cui si apprende che l’abitato era sottoposto al controllo della prepositura di Santo Stefano di Cividale del Friuli, per poi passare (lo si evince da un documento del 1253) al capitolo di Santa Maria di Cividale.
Nel 1469 il castello e parte dell’abitato furono investiti da un rovinoso incendio e poi nuovamente danneggiato nel 1511 da un pesante terremoto e poi dall’invasione degli ungari, subendo dei restauri per tutto il Seicento. Fu con l’amministrazione austriaca, succeduta alla secolare dominazione veneziana, che il municipio venne fissato di sede all’interno del locale castello.
Durante la Prima guerra mondiale fu sede di un ospedale da campo delle truppe italiane di stanza nell’area di Cividale del Friuli.
Il Manoscritto di Castelmonte (Starogorski rokopis in sloveno) è uno dei più antichi documenti, fino a noi pervenuti, scritto in lingua slovena redatto tra il 1492 ed il 1498 da Lorenzo da Mernicco (Laurentius vicario di Mirnik). Il periodo corrisponde a quello in cui l’idioma sloveno, fino ad allora prettamente orale, cominciava a sviluppare le regole per dotarsi anche di una forma grafica, si tratta di uno dei più antichi documenti scritti in lingua slovena.