La grande ricchezza di reperti archeologici rinvenuti conferma l’antica frequentazione da parte dell’uomo. La vicinanza all’antichissimo centro di Adria lascia ipotizzare il passaggio di popolazioni di stirpe diversa anche nel territorio di Cona: purtroppo la costituzione di un abitato fu in certo modo subordinata alla presenza a volte distruttiva del Bacchiglione, che, fino a pochi decenni fa, poteva esondare liberamente creando vaste zone paludose o piuttosto acquitrini (valli) oppure dune fertilissime (vegri).
Dai documenti sappiamo che nell’Alto Medioevo Cona fu “corte” e sede di mercato almeno a partire dal X secolo; presso Cona ebbero possedimenti la Serenissima ed i Signori da Carrara, che li ottennero per via ereditaria dai Malatrasi.
Nel Medioevo Cona fu coinvolta negli scontri fra Padovani e Veneziani e pure, anche se marginalmente, nelle vicende della “Guerra di Chioggia”, che oppose verso la fine del Trecento i Veneziani ai Genovesi. L’episodio più drammatico Cona lo visse però agli inizi del Cinquecento, con il rovinoso passaggio delle truppe dell’imperatore Massimiliano, durante l’occupazione di Padova avvenuta in seguito alla vittoria delle milizie della Lega di Cambrai sui Veneziani (1515): dopo questo fatto dalle funeste conseguenze il Consiglio dei Dieci fissò nel 1519 il confine fra Padova e Venezia. L’erezione a Comune autonomo risale alla risistemazione amministrativa voluta da Napoleone.
A partire dai primi anni del secolo e per tutta la prima metà dell’Ottocento furono fatti molti tentativi per trovare la maniera di bonificare il Foresto: diverse vie furono sperimentate dai maggiori ingegni locali, che ottennero anche risultati di qualche rilievo, fino ad arrivare all’attuazione del progetto dell’ingegner Cesare De Lotto (di origine cadorina, morto e sepolto a Cona nel 1864). Dopo il governo napoleonico Cona seguì le alterne vicende che videro il Veneto subire il dominio asburgico ed aderire infine al Regno d’Italia (1866). Nel corso del Novecento bisogna registrare gli avvenuti scontri fra partigiani e fascisti, nel corso del secondo conflitto mondiale, a causa della sistemazione da parte di questi ultimi di un luogo di tortura a Conetta.
